Le Conseil de fondation de l’EPER compte 10 membres. L’une de ces personnes est nommée par l’Église évangélique réformée de Suisse (EERS) tandis que les autres membres, y compris le président, sont élus par le Synode de l’EERS. Leur mandat dure quatre ans. Actuellement, cinq femmes et cinq hommes siègent au Conseil de fondation.
Le Conseil de fondation veille à ce que les objectifs stratégiques de l’EPER soient poursuivis de manière durable, conformément à ses objectifs et en lien avec l’EERS et les Églises membres de cette dernière.